È bene ricordare che si tratta di un'opera ancora funzionante, anche se molto modificata nei secoli. Il progetto della Marana era fondato sulla captazione di un fosso (l’Aqua Crabra), che dalle sorgenti nella Valle della Molara sopra Squarciarelli (presso Grottaferrata) non si dirige direttamente verso Roma, ma fluisce verso l'Aniene, passando vicino alla Torre dei Ss. Quattro (ancora esistente) e mutando più volte denominazione (Fosso dell’Incastro, Fosso del Giardino, Fosso di Tor Tre Teste, Fosso di Tor Sapienza; nel Medioevo è anche attestato il nome Maranella).

Per far nascere la Marana, all’altezza dei ruderi della Villa dei Centroni, a Morena, in una località eloquentemente denominata L’incastro, fu creato uno sbarramento in muratura che deviava parte delle acque di questo fosso in un condotto sotterraneo preesistente, appartenente all'antico acquedotto Claudio. Dopo aver percorso 940 metri nel canale sotterraneo, la Marana (da identificare - limitatamente a questo tratto - con l'Acqua Sotterra, che è citata in documenti tardomedioevali e che diede il nome alla Torre dell'Acqua Sotterra, oggi nota come Torre della Marrana), usciva nuovamente allo scoperto in località Casalotto.

Il canale poi proseguiva verso Roma sfruttando il declivio del crinale già utilizzato dagli antichi acquedotti (si tratta del grande spartiacque tra il bacino idrografico del Tevere e quello dell’Aniene), passando per la tenute del Casale della Marrana (di proprietà di S. Maria Nova), del Buonricovero e di Romavecchia (dove formava un piccolo lago). Poi il canale passava nelle immediate vicinanze della Torre del Fiscale (detta nel Medioevo Torre di S. Giovanni) e della Torre del Quadraro, tuttora esistenti (Lo Statuto di Roma del 1363 nota espressamente che la Marana passava ad pedem Turris s. Iohannis et ad Turrim Quatrarii).

All’altezza di Porta Furba, dove la dorsale del crinale si stringe di molto, determinando il ravvicinamento degli acquedotti antichi, dalla Marana si staccava una derivazione, detta Maranella (da non confondere con il già ricordato Fosso dell’Incastro che nel Medioevo fu chiamato nello stesso modo), che si dirigeva verso la via Labicana per sfociare nell'Aniene a Ponte Nomentano. Il canale principale della Marana continuava invece a scorrere ai piedi dei fornici degli acquedotti, utilizzando come letto un’antica strada di servizio e fornendo forza motrice a parecchi mulini (Mola de Supra, Mola Vexalla, ecc.).

Superata Romavecchia, la Marana per l’attuale via del Mandrione e scendendo a valle verso la via Tuscolana (tuttora esistono qui via e largo della Marrana), giungeva nei pressi dell’attuale piazzale Appio, a Porta Asinaria (Porta S. Giovanni ancora non esisteva), azionando mulini e formando un laghetto.

La Marana poi proseguiva costeggiando le Mura di Aureliano in direzione sud (dalle parti dell’attuale via Gallia esisteva in passato un vicolo delle Mole, conosciuto anche come via delle Tre Madonne e via dell’Acqua Mariana) ed entrava in Roma a Porta Metronia. Questa porta fu chiusa dai lavori voluti da Callisto II e trasformata in una sorta di varco fortificato per l'acqua (sono evidenti le murature medioevali afferenti a questo intervento).

Un’incisione settecentesca mostra l’interno della Porta con la caratteristica inferriata posta sul canale della Marana, per evitare l’entrata in città di persone o di merci di contrabbando attraverso la via d’acqua. Proprio in questa inferriata va probabilmente ravvisata l’origine del toponimo Ferratella (è tuttora esistente via della Ferratella in Laterano) e non nelle inferriate infisse all’Ospedale Lateranense, né nelle altre varie (e il più delle volte assolutamente fantasiose) ipotesi che si leggono qua e là.

Varcata Porta Metronia, la Marana scendeva a valle tenendosi alle spalle di S. Sisto Vecchio e costeggiando una strada che nell’Ottocento è chiamata con il significativo nome di Vicolo della Ferratella; nell'area dell'antico orto del monastero (oggi occupato dall’Assessorato all’Ambiente del Comune di Roma e dal Semenzaio Comunale) si ergono ancora due torrette prive di merlatura con ingresso sopraelevato. Esse in realtà sono due mole (la Mola di Sopra e la Mola di Sotto) che nel Medioevo insistevano giusto sul letto della Marana, al fine di sfruttarne la forza motrice. Poiché queste due mole si trovavano in un'area pressoché disabitata della città, si rese necessaria la loro fortificazione.

Giungendo nella Valle delle Camene (l'avvallamento tra Celio e Aventino, ove oggi corre l'attuale via delle Terme di Caracalla) la Marana causò la trasformazione della zona in area alluvionale, compromettendo la viabilità della via Antiqua (corrispondente al percorso urbano dell'Appia romana e oggi grosso modo ricalcato da via Valle delle Camene) a favore della via Nova, la strada costruita da Settimio Severo e parallela alle Terme di Caracalla, che assunse la funzione di direttrice principale.

Superato il monastero di S. Maria in Tempulo, la Marana proseguiva il suo decorso passando sotto l’arco trionfale del Circo Massimo. Dopo aver fornito forza motrice a un mulino (protetto dalla Torre Frangipane, non a caso conosciuta anche come Torre della Moletta), la Marana usciva dal Circo e finalmente, all'altezza di S. Maria in Cosmedin (dove incontrava le ultime due mole), si gettava nel Tevere accanto alla Cloaca Massima. Una via della Marrana di S. Giovanni è attestata in età moderna tra via della Greca e via di S. Sabina.

All'indomani dell'Unità d'Italia, gli interventi urbanistici per la costruzione del Lungotevere e per la creazione della passeggiata archeologica costituirono il primo passo verso l'oblio di questo importante corso d'acqua, il cui tragitto intra moenia fu convogliato in un collettore sotterraneo.

Eppure fu un fiume importante per la vita romana; così importante che il nome di Marana passò già nel Medioevo a indicare genericamente tutti i fossi della Campagna Romana; fu così che poi, proprio per distinguerlo dagli altri corsi d'acque minori di Roma, lo si rinominò come Marana di S. Giovanni o, pleonasticamente, come Marana dell’Acqua Mariana. Oggi poi il corso della Marana è stato completamente modificato: a causa dell’urbanizzazione di tutto il settore Appio-Tuscolano, il fiume è stato deviato all'altezza di Romavecchia per andare a confluire nell'Almone. Benché ridotto a una sorta di fogna a cielo aperto, benché nascosto in percorsi sempre più celati, il fiume continua però ancora a scorrere da Grottaferrata a Roma.